Parti de France en août 1785 le comte de Lapérouse, disparu en 1788 avec ses 220 hommes sur les deux navires, La Boussole et l'Astrolabe. Ils quittent le 10 mars 1788 l'Australie de l'Est (Botany Bay) en direction du NO vers la Nouvelle-Calédonie et disparaissent.

La mission de Jean-François de Galaup, comte de Lapérouse, ordonnée par Louis XVI, était vaste; apporter des connaissances sur le Pacifique, améliorer les cartes, étudier les moeurs des peuples inconnus, rapporter de nouvelles plantes. Elle avait aussi des objectifs politiques avec des projets d''établissement de bases françaises en Alaska, aux Philippines et dans la presqu'île du Kamchatka. Elle prévoyait la reconnaissance de la Nouvelle-Calédonie découverte par Cook 11 ans auparavant. La disparition de Lapérouse fut longtemps un mystère. Louis XVI en montant sur l'échaffaud aurait encore demandé "a-t-on des nouvelles de Monsieur de Lapérouse".

Une expédition partit à sa recherche en septembre 1791. Elle était dirigée par l'Amiral d'Entrecasteaux qui lors de ce voyage arriva à l'Ile des Pins le 16 juin 1792. En faisant plus tard route sur les Santa-Cruz l'expédition découvrit le 19 mai 1793 une île nouvelle que d'Entrecasteaux baptisa l'île de La Recherche. Il continua sa route vers Sourabaya sans y atterrir. Or cette île est Vanikoro et d'Entrecateaux manqua la découverte des derniers membres de l'expédition Lapérouse dont certains, on ne le sut que plus tard, vivaient probablement encore sur l'île. Ce fut le capitaine marchand Peter Dillon qui, en 1826 et 1827, découvrit les témoignages du naufrage des deux bateaux à Vanikoro, Iles Santa Cruz (Salomon), au nord du Vanuatu .

Peter Dillon, faisant escale en 1826 à Tikopia, acheta une épée ayant probablement appartenu à Lapérouse et apprit qu'elle venait de l'île voisine de Vanikoro. Il alla en 1827 sur Vanikoro où il découvrit des boulets de canon des ancres et autres objets. Ils furent identifiés à Paris par de Lesseps qui avait quitté l'expédition au Kamchatka pour ramener la première partie des archives de l'expédition à Paris par la Sibérie. Les récits que Dillon recueillit à Vanikoro indiquaient que les deux bateaux avaient heurté le récif. La Boussole avait coulé immédiatement et l'équipage de l'Astrolabe avait pu aller à terre où une partie de ses membres fut massacrée par les indigènes. Les survivants construisirent un petit bateau à partir de l'épave et auraient quitté l'ile 9 mois après. Ce bateau aurait coulé peut-être dans l'archipel des Salomons.

Les recherches de l'association Salomon

Les mystères du naufrage, de l'après naufrage et du passage de Lapérouse en Nouvelle-Calédonie ont également suscité de nombreuses et importantes recherches depuis 1960. Celles de l'association Salomon ont succédé, à partir des années 1980, aux recherches initiées par l'Amiral de Brossard dans les années 1960.

Depuis 1981 sept expéditions de fouilles ont eu lieu. Voir ce site "operationlaperouse2008" Celle de 1986 fut une expédition conjointe franco-australienne.

Les recherches en mer ou à terre à Vanikoro, ont permis de découvrir une grande quantité d'objets qui ont été traités, étudiés et classés. Les recherches ont été effectuées avec des spécialistes, archéologues marins ou terrestres et des botanistes. Des informations sur le naufrage des navires et le camp dit "des Français" sont issues des récentes recherches à Vanikoro.

Avec l'expédition de décembre 1999, les fouilles sur Vanikoro ont permis de découvrir les restes ensevelis du camp des naufragés. Il est le témoignage et la preuve de la survie d'une partie des membres de l'expédition. Cette expédition a fait l'objet d'un film paru à la télévision dans l'émission Thalassa.

L' expédition du 25 octobre au 5 décembre 2003 a démontré que le navire de Lapérouse, la Boussole est bien celui qui a coulé dans la faille alors que le second navire, l'Astrolabe, n'aurait pas étéimmédiatement détruit, ce qui aurait permis à une partie de son équipage de se sauver sur l'île. Un squelette et des pierres de meules à grains ont été découvert sur les lieux des naufrages. Les fouilles sur les restes de l'ancien camp on été poursuivies.

Deux nouvelles expéditions ont été faites en 2005 et 2008, avec la collaboration de la marine nationale, mobilisant de très importants moyens. De nouveaux objets ont été découverts aussi bien à terre que sur le lieu du naufrage.