Sa végétation est très riche en espèces provenant de la flore du super continent de Gondwana qui s'est fragmenté au Crétacé. La Nouvelle-Calédonie est issue d'un bloc détaché de ce continent il y a entre 80 et 75 millions d'années et qui portait aussi la future Nouvelle-Zélande. Il est aujourd'hui en très grande partie ennoyé (voir géologie). La flore Gondwanienne de la Nouvelle-Calédonie a été ainsi isolée. Le climat humide, d'abord tempéré puis tropical sans grandes variations de températures, a favorisé le maintien avec une faible évolution des plantes gondwaniennes. En Australie beaucoup d'espèces gondwaniennes ont été éliminées par la sécheresse croissante du climat. En Nouvelle-Zélande les glaciations ont également éliminées de nombreuses espèces thermophiles.

En outre l'adaptation aux sols des roches ultrabasiques abondantes en Nouvelle-Calédonie et qui se sont mises en place à l'Eocène il y a environ 30 millions d'années a préservé les espèces gondwaniennes de la compétition des espèces modernes pour lesquelles ces sols sont toxiques. En conséquence les massifs de roches ultrabasiques ("massifs miniers") atteignent des records d'endémisme.

Tous ces facteurs ont contribué au maintien d'un archaïsme exceptionnel. Les espèces de la flore Calédonienne sont donc très proche de la végétation gondwanienne du temps des dinosaures. C'est un "Jurassic Park" (en fait plutôt d'âge Crétacé) botanique de la planète.

Sa richesse exceptionnelle en espèces uniques fait de la Grande Terre un des champions mondiaux d'endémisme végétal. Près de 80% de toutes les espèces sont endémiques et c'est le cas pour 16% des genres. Sur environ 17 000 km2, plus de 3 380 espèces endémiques sont dénombrées et il est estimé qu'il y aurait encore 200 à 300 espèces à découvrir. Les genres endémiques sont au nombre de 113 et il y a 5 familles endémiques.

Entre autres quasi fossiles vivants, il y a une des toutes premières plantes à fleurs, l'Amborella qui remonterait à environ 130 millions d'années (source : Endemia).
Le groupe des Gymnospermes y est remarquable. Avec 44 espèces réparties en 5 genres, la Nouvelle-Calédonie est le pays tropical ayant la plus forte concentration d'espèces de ce groupe dans le monde et 43 sont endémiques. Elle a l'unique Gymnosperme parasite connu (Falcatifolium taxoides). Sur les 19 espèces d'araucarias connus dans le monde, 13 sont néo-calédoniennes, dont le fameux "pin colonnaire" (Araucaria columnaris), arbre symbole qui orne les rivages du Sud et qui caractérise la fameuse Île des Pins. Les 6 autres espèces d'araucarias se répartissent sur deux continents (Australie et Amérique du Sud 2 espèces chacune + 1 espèce partagée entre Australie et Nouvelle Guinée) et 2 îles, la Nouvelle Guinée (1 espèce non partagée) et Norfolk (1 espèce).
C'est non moins extraordinaire pour les palmiers avec 37 espèces endémiques répertoriées appartenant à 16 genres dont 15 n'existent nulle part ailleurs (notamment l'unique Pritchardiopsis jennencyi que l'on a cru longtemps disparu et dont on ne connait actuellement qu'un arbre adulte).
Elle est l'une des cinq régions du monde où existe encore le genre Nothofagus (le hêtre du continent de Gondwana) avec 5 espèces.

Forêts et maquis

Beaucoup de ces espèces endémiques sont dans les grandes forêts humides d'une exceptionnelle beauté dans les montagnes (la "Chaîne"). Un maquis d'arbustes aux feuillages souvent élégants et aux fleurs vives et originales s'est largement développé sur les massifs de roches ultrabasiques.

La forêt sèche, ou sclérophylle, est également un écosystème très endémique (329 espèces sur 456 sont endémiques).

Il y a aussi une belle forêt de bord de mer avec des arbres aux feuillages foncés et denses, mais elle souffre de l'urbanisation. Malgrè son originalité et son charme elle n'est guère protégée ou réimplantée.

Avec ses espèces uniques, la flore calédonienne a un potentiel médical de grand intérêt. Son évaluation fait l'objet de recherches de l'IRD et de laboratoires privés. Les Mélanésiens en connaissent l'importance médicale au travers de leurs traditions.

Les Calédoniens sont encore peu sensibles à la beauté, l'originalité et l'interêt de leur flore. Mis à part les pins colonnaires, les plantes indigènes sont encore malheureusement minoritaires ou absentes dans les jardins et notamment dans les parcs et promenades publics où dominent des essences banales comme le cocotier et des espèces souvent importées. Pourtant on sait aujourd'hui réimplanter de nombreuses espèces indigènes sur les terrains des anciennes exploitations minières.

Voir quelques specimens typiques : arbres,fleurs.

Menaces

Les feux, les défrichements, l'urbanisation et les activités humaines en général menacent la flore unique de la Nouvelle-Calédonie. Les feux sont dévastateurs pour la végétation endémique des massifs de roches ultrabasiques.C'est aussi dramatique pour la forêt sèche dont il ne subsiste plus que 1% de la superficie d'origine. Les autorités du pays ont pris conscience de cette richesse unique et de sa fragilité en luttant contre les feux, en instituant des réserves et en développant les études et les opérations de sauvegarde. Les feux malheureusement deviennent plus fréquents dans les "massifs miniers" car de nombreuses routes maintenant les penètrent, notamment dans le sud. Ils y sont particulièrement dangereux pour une végétation qui y est très sensible et qui se régénère très lentement (50 à 100 ans) et difficilement après ceux-ci. Il faut aussi faire face à l'introduction clandestine, ou même officielle, d'espèces étrangères. Elle a souvent eu des conséquences malheureuses sur la flore endémique. Mal armée pour la compétition elle peut-être supplantée facilement par ces espèces plus modernes. Par exemple le pinus des Caraïbes (Pinus caribaea var Hondurensis), officiellement introduit en 1959, envahit des maquis endémiques du sud où il a été planté par les autorités publiques sans réel succès forestier. Une étude réalisée en 1995-1996 démontre qu'il appauvrit la diversité des espèces endémiques.